市农科院为市政府直属事业单位，挂省农科院菏泽市分院牌子。主要职责是，开展现代化农业研究和基础研究、前沿研究；农业新品种培育和栽培管理技术创新；农作物种质资源收集、保存、研究、利用；农业新成果、新技术的引进、熟化、集成、示范和转化等。下设12个科所和1个试验示范开发服务中心，共有编制114名。现有干部职工96人，其中正高级职称15人、副高级20人，承担市级以上农业科技创新团队平台15个，其中国家级7个、省级6个。主要围绕菏泽市农业主导产业，开展小麦、玉米、大豆、棉花、花生、蔬菜等作物研究，创新开展油用牡丹、中草药、牡丹及芍药鲜切花等区域特色作物研究。大豆育种研究处于全国先进、黄淮海区域领先水平，玉米、小麦育种研究取得了长足进步；涌现出王秋玲、曹凤格等一批知名专家。