选用微生物肥料的基本原则是因地制宜，选用与环境和作物品种相匹配的微生物肥料。在使用微生物肥料的过程中应充分考虑农艺操作符合相应微生物的生理要求，充分发挥其作用。
选用微生物肥料时具体应注意如下事项：施用微生物肥料必须提供一定的有机质，有机质是微生物赖以生存的粮食。有机质高的土壤施用微生物肥料效果显著，缺乏有机质的土壤单独施用微生物肥料效果欠佳。微生物肥料应和一定数量的有机肥一同施用，或微生物肥料中的载体就含有供微生物生长的有机质。针对不同种类的微生物肥料，采用不同的农艺措施，以获得期望的施肥效果。例如氮素高的土壤施用固氮菌、根瘤菌，其效果不够明显。含铝、铁、钙高的土壤单独施用可溶性磷肥效果不好，施用磷细菌肥料，可显著改善可溶性磷肥的使用效果。总磷含量高、有效磷低的土壤使用磷细菌肥料，再配施一定有机肥，连续不施可溶性磷肥，也不会出现缺磷症状。为了提高化学钾肥利用率，配施一定量的生物钾肥可大幅节约化学钾肥施用量，并带来大幅改善作物品质的效果。
施用方式需得当。根据不同作物、不同生育期选用不同的微生物肥料和不同的施肥方式。蘸、喷、灌、撒、随播种机播施等不同施肥方式，要选用不同剂型的微生物肥料。例如拌种、蘸苗、喷施宜用液态剂型，机播宜用造粒剂型，条施、撒施、大棚用不造粒剂型即可。 施用环境必须有一定的湿度和合适的温度。施用微生物肥料后遇暴晒天气，蒸腾强烈又缺水灌溉的田块往往效果欠佳。除产品说明书上注明的可相容的农药外，不能与杀菌剂、消毒剂等农药共同使用。 依作物与土壤特征选用。不以作物生物量为主要生产目标、而以作物次生代谢物为主要生产目标的作物，如茶叶、烟叶、中药材选用控氮效果好的微生物肥料就很有意义，不会因为速效氮太多而导致缺少有效成分的枝叶疯长。
使用过程注意不能暴晒。如果是喷施最好在上午9点前和下午5点后，喷后如遇大雨，应雨后补喷。由于叶子正面多蜡疏水，背面多孔，喷施于叶子背面比正面效果好。不要与高浓度化肥配施，既浪费，效果也不佳。凡号称总养分高于40%的有机、无机、生物复混肥，其中微生物菌剂肥效难以充分发挥。这种商品肥虽号称含有机物和微生物，实际就是大量的化肥制造的。
（本文摘自中国农业出版社出版的《微生物肥料生产应用技术百问百答》）
